如果系統集成商和集成客戶在訂立合同時對合同內容考慮不全，就會導致合同條款不夠詳細，在項目實施過程中就可能產生合同糾紛。那么，如何避免系統集成工程中的合同糾紛呢？
合同糾紛，是指因合同的生效、解釋、履行、變更、終止等行為而引起的合同當事人的所有爭議。合同糾紛的范圍廣泛，涵蓋了一項合同從成立到終止的整個過程。
信息系統工程建設項目的方案設計和實施大多由一個單位獨立完成，而系統承建單位（中標單位）大多只是在為時有限的招標階段完成系統需求調研和方案設計，如果項目承建單位中標后不對原投標方案在深入需求調研的基礎上完善和優化，在合同的履行過程中就會頻繁出現工程變更。對工程變更處理不當，是合同爭議糾紛產生的主要原因之一。
合同爭議糾紛首先應采取預防為主的原則。為盡量避免或盡量減少信息系統工程實施過程中的合同爭議糾紛，筆者認為應注意以下幾個方面。
合同條款應注意的九個事項
1.合同條款是當事人履行合同的依據。為避免因條款的不完備或歧義而引起合同糾紛，系統集成商應認真審閱建設單位擬訂的合同條款。除了法律的強制性規定外，其他合同條款都應與建設單位在充分協商并達成一致基礎上進行約定。
2.合同內容力求完整、嚴密，建設單位應對合同中容易出現歧義的文字進行解釋。
3.合同的內容尤其是關于合同標的(包括名稱、種類等)、數量、質量、價款或者報酬、履行期限、履行地點、履行方式、違約責任(違約金或違約損失賠償額的計算方法等)、解決爭議的方法（在信息系統工程監理制度實行后，信息系統工程實施中的發生的爭議應首先通過項目監理機構調解）等主要合同條款應有詳細約定。
4.對合同中質量條款應具體訂明規格、型號、適用的標準等，避免合同訂立后因為適用標準是采用國家、地方、行業還是其他標準等問題產生糾紛。
5.對于合同中需要變更、轉讓、解除等內容也應詳細說明。
6.如果合同有附件，對于附件的內容也應精心準備，并注意保持與主合同一致，不要相互之間產生矛盾。
7.對于既有投標書，又有正式合同書、附件等包含多項內容的合同，要在條款中列明適用順序。
8.在簽定合同時還應了解簽約對方（項目建設方）的主體資格，即在合同上簽字的人是否具備簽署合同的資格。法人的法定代表人、其他組織的負責人均具有簽約主體的資格。其他人員代表法人或其他組織簽訂合同時，必須持有建設單位法人的法定代表人授權委托書。
9.為避免合同糾紛，保證合同訂立的合法性、有效性，當事人可以將簽訂約合同到公證機關進行公證。經過公證的合同，具有法律強制執行效力。
避免方案變更導致工程變更
信息系統工程的實施和一般建筑工程不同。對一般的建筑工程來說，工程設計與施工是兩個前后分隔的階段，由兩個不同的單位完成。建筑工程不建議甚至不容許設計單位來承包工程施工，反之亦然。而信息系統工程則大多由同一個單位進行方案設計和工程實施。
系統設計階段是信息系統工程建設項目實施的初始階段，系統方案設計的完善與否，直接關系到以下各階段的正常實施，甚至整個項目的成功。然而，在以往的信息化工程項目建設中，往往存在項目承建方對建設方的需求理解不全面、不準確，導致項目設計方案缺陷的現象。根據這種有缺陷的設計方案開發實施的項目必然導致承建方和建設方糾紛不斷、工期拖延、項目的投資和質量都無法得到有效的控制、企業的需求得不到滿足、項目的建設目標難以實現……因此，項目的承建方必須切實把握系統的設計階段，使系統設計方案盡可能充分滿足項目建設方的需求，并盡可能地優化、完善，從而達到實現系統建設目標的目的。
如果項目的系統承建單位通過嚴格招標投標程序選擇中標單位，在項目實施過程中是不是就可以忽略系統設計階段？答案是否定的。因為在時間極為有限的招投標過程中，任何人都不能說他對項目的需求調研是充分的，而沒有對該項目充分的需求調研和需求分析，就不可能產生完善的系統設計方案。
因此，信息系統工程項目的承建方應在項目的初始階段對建設方深入地開展進一步的需求調研和需求分析，并在此基礎上完善和優化項目的系統設計方案，以盡量避免或減少在項目實施過程中，由于系統設計方案的不完善而導致工程變更頻繁，進而由于對工程變更處理不當而引起合同爭議糾紛。
妥善處理工程變更
即使承建單位在項目初始階段對信息系統工程項目進行了較為深入的項目需求再分析，并在此基礎上對項目設計方案進行了成功的完善和優化，但在項目實施過程中，工程變更仍不可避免。因此，項目承建單位在項目實施過程中還必須妥善處理項目工程變更。
在信息系統工程實施過程中引起項目變更除系統設計方案不完善這一主要原因外，還可能由以下原因引起：項目實施組織計劃不合理；項目實施組織計劃和項目實施相脫離；設備供貨方或設備廠商不能在合同供貨期限內供貨或供貨設備的規格、質量、價格等與合同及設計方案偏離；工程質量不符合項目合同及設計方案的要求造成的停工和返工等引起的工程延期；信息技術的更新換代導致原技術及原設計不符合整體環境的要求；由信息技術更新引起的設備更新；由于建設方需求變化而調整（增加或減少）項目建設內容；建設方投資不到位以及其他多種原因。
按照FIDIC（國際咨詢工程師聯合會）合同條件的規定，不管由哪一方提出的任何變更，都應交由監理工程師來最終處理，并報建設單位批準備案，監理工程師發出有關的變更指令，該指令一經發出，應視為合同文件的一部分。因此，工程變更具有一定的法律強制性。沒有監理工程師的變更指令，合同的任何一方都不能對工程及其有關方面做出任何的改動，監理工程師發出的工程變更指令，合同雙方則必須執行。實質上，工程變更是對合同文件進行修正、補充，使其更加完善。
工程變更常常發生在工程承包合同執行過程中，通常是不可預見的，因而事先無法約定，需要監理工程師隨工程進展現場定奪，若久拖不決，即使是合情合理的變更也會阻礙工程進展；況且大部分的工程變更會涉及到費用，若處理不當，不僅造成資金浪費，影響工程質量，埋下索賠隱患，甚至使建設單位對其工程投資失去控制或承建單位的利益受到損害。